发指，就是字面上理解，头发都竖起来了。
令人发指，令，即使。
令人发指，就是说使人的头发都竖起来了。表示某事或某种行人让人极端的愤怒。
头发为什么会竖起来。有个词语叫“怒发冲冠”，或者“冲冠”。古代成年男子头上有冠，这个冠不完全是帽子的一直，头发处理以后要戴上冠，这是礼仪的要求。
某种行为让人极端的愤怒，使得人头发都竖起来了，头发就会冲到冠。
这就是发指与冲冠。
两个词语都是表示某种行为让人极端的愤怒。
但是令人发指主要描述某事。这件事令人发指。
而怒发冲冠主要描述人的状态。某某怒发冲冠，怎样怎样。
中华成语故事集
令：使。发指：头发竖起来。形容使人极为愤怒
其实这个已经是约定俗成了，指一般做直，形象夸张头发都竖起来了，表示对方让自己或他人震惊（愤怒的）
；发指：头发直竖起来；
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