A、AaRr自交，根据基因自由组合定律，子代共有3×3=9种基因型，A正确；
B、子代有花瓣植株所占的比例为
，AaRr所占的比例3 4
×1 2
＝1 2
，因此子代有花瓣植株中，AaRr所占的比例为1 4
，B正确；1 3
C、子代的红花植株中RR占
，Rr占1 3
，因此R的基因频率为2 3
+1 3
×2 3
＝1 2
，C正确；2 3
D、Aa自交子代表现型有3种，Rr自交子代表现型有2种，但由于aa表现无花瓣，即aaR_与aarr的表现型相同，因此表现型共5种，D错误．
故选：D．
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